刘永福尽管困难重重，万分悲愤，但他为了保卫祖国领土的完整，救台心切，立即就地补足四营人，续招两营，于八月一日成军，九月二日在汕头乘轮东渡。
tái wān巡抚邵友濂、蕃司唐景崧忌惮刘永福，奏调黑旗军驻防台南穷荒之地，他们则坐踞台北富庶之区。1895年初，邵友廉设法调回湖南，唐景崧升tái wān巡抚，刘永福建议合力守卫台北冲要之地，唐管政务，刘管军事，受到唐景崧拒绝。在籍工部主事丘逢甲是粤东嘉应州客家人，刘永福的先世亦是嘉应州客族。他们主张相同，加上同乡之谊，关系甚笃，丘极力斡旋，仍不能阻止唐、刘分军，tái wān抗战因而种下祸根。
1895年4月，李鸿章赴日本签订《马关条约》，割弃tái wān。tái wān人民誓死不肯脱离祖国，于五月二十五日成立tái wānmín zhǔ国，挽留唐景崧、刘永福主持杭战。唐景崧接大总统印时，向北三跪九叩首，大哭而入。他电奏清廷说：“臣先行，民断不容，各官亦无一保全；只可臣暂留此，先令各官陆续内渡，臣当相机自处。”
刘永福的态度和唐迥然不同：他在台南军次，接到唐景崧送来“tái wānmín zhǔ国”大将军印，立即出布告激励军民共守危疆。他说：“自问年将六十，万死不辞”。表示“抗不奉诏，弃职而为”。刘永福不但在宣言中慷慨激昂，而且行动上也做了认真准备。据《tái wān战记》记载：“刘永福守台南，尤民望所归。自安平至旗后各港，重重布置，百姓咸恃以无恐。”
六月二日，清zhèng fǔ派李经方到台北海面向日本tái wān总督桦山资纪递交割台清单。三日，日军在基隆港外登陆，四天后即占领了台北首府。唐景崧私微服出走，溃军难民涌向新竹。新竹、苗栗一带聚居着粤东迁来的客家人，勇敢漂悍，团结性强，自动联防保乡。丘逢甲的部将吴汤兴、徐骧、徐绍祖率领义军，在三角涌歼灭日军樱井队六十余人和敌侦察队十九骑。双方相持了一个多月，基本上互有胜负，因为这些人的存在，导致日军占领新竹后不敢贸然南下，为台中、台南军民赢得时间进行战斗准备。
台北陷落后，台南绅民商议再立mín zhǔ国，迎刘永福入驻府城，三次进呈大总统印，刘永福都坚拒了。他说：“区区此印，无能为力。”
号召人民出钱、出枪、出力，才是当务之急。
沿海督抚张之洞、谭仲麟，边宝泉等相继函嘱刘永福坚守，答应源源接济饷械物资等。
刘永福内新受台民热诚所感动，同时又能得到祖国大陆的支援，便以帮办tái wān军务的名义主持大局。六月，台南数千军民jí huì，刘永福率十七名文官员登台歃血誓盟，盟书十七款，有关战守、财经、奖惩等事宜。在盟书里，反映了刘永福等将领的爱国爱民思想，守土抗敌的决心，mín zhǔ团结的作风。军民公推刘永福为军统，台南总兵杨泅洪为分统，指挥tái wān的军事。又选举七名委员组成议院，谘商政事和财务。
台南抗战中心虽然建立，但却面临着一系列复杂问题。
首先由于清廷传谕各官内渡，文武官员纷纷向刘永福缴印辞职，军队也缺员严重。刘永福本着去留自愿原则，擢选了一批忠勇之士担任黑旗军、新楚军、镇海军以及台中、台南义军的统领和管带。委任了一批自愿留台的文官，充任台中、台南两有八县的官员。经过整顿后，tái wān军民团结在刘永福黑旗军的周围，安定了社会秩序，重振了人心。但严重的问题在于经济。
由于台北财富之区丧失，藩库、军械局、兵工厂尽落敌手，台中、台南贫困，不足养战，饷械的补充还必须依赖于沿海官民的支援，但是清朝却下达了禁严令，加上日军舰队的拦截，只能少量暗中接济。刘永福想方设法就地筹晌，盘点库存银二十多万发行钞票二十五万元，发行邮票得数千元，动员凤山盐商捐军响得十一万元，总数约五六十万。当时tái wān驻军、义勇近百营，每月需饷十七万两，加上政费、杂费开支，这笔钱仅可支持两三个月。
八月，日本增兵两万到tái wān。一面派兵舰骚扰台南各港，牵制黑旗军北援。主力则从新竹分三路南下台中进迫府城彰化。为了配合军事进攻，桦山致书刘永福，威迫他停战撤兵，日本负责用船“礼送还国。”刘永福却回信驳斥，同时他加强了台南沼海的防务，筑炮台，挖陷阱，装竹签，防敌登陆。月初，派遣四营黑旗军进援台中，连他的亲兵七星队和新装备起来的旱雷兵也源源派赴前线，稳定了台中地区纷乱的局面。
黑旗军的阵前主将叫吴彭年，祖籍浙江，流离广东，充当刘永福的文案，主动请求领兵救援台中，他组织前线各军扼守彰化北面十里的大甲溪，和日寇隔溪大战，当时正好有一队日本粮船开进溪来，黑旗战士冒着枪林弹雨，跳进河中俘获两艘敌船而回。
八月二十三日至二十八日，两军隔溪大战，黑旗军不负众望，一上阵就锐气百倍，这支训练有素的精兵，表现出熟练的战术动作和勇敢精神，使得敌