在这样的宗族势力面前，如果自己没有足够的实力就冒然采取行动，只会带来一个结果，分裂。朱由校只好低下穿越者高傲的头颅，暂时选择合适的宗族势力扶持。因此才有了他同意张凤仪嫁入皇家的事，也愿意扶植阿尔斯楞和布日固德这两个易于操控的外族势力。
朱由校建立皇家卫队的举动，便是为自己培养可用又可靠的人才。因此他自己身先士卒，咬牙完成卫队的所有训练，甚至亲自参加战斗，就是为了取得卫队士兵的认同和跟随。一个在精神与思想认知方面与自己同步的卫队，才是他需要的军事团体。
而建立皇家科学院，是朱由校改变整个明朝思想的第一步。他不知道自己会不会成功，但他必须要做。文化与思想之间的交锋，虽然没有硝烟，但却更加残酷。稍有不慎，甚至会引发整个社会发展的倒退。因此朱由校一直在缓慢推进，等待更加合适的时机…
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几个明军普通士兵找到了猛如虎，想要加入卫队，但猛如虎明显不同意，不知说了什么，几个明军士兵又垂头丧气的走开了。看到这一幕的朱由校，有些无奈地摇摇头。
皇家卫队的士兵都是精挑细选过的，必须身体合格政审三代，然后新兵训练淘汰一批，识字课考试再淘汰一批，留下的士兵都是身体素质过硬，有一定的识字能力。这是未来新军军官的主要来源，也是未来军队的灵魂，因此朱由校对于他们的训练格外上心。
而当初招募的山西学子，经过培训和考核后，能留下来当军官的，只是一小部分，剩下的都进入了科学院。如果有人还是无法留在科学院，朱由校也给他们找到了出路，因为明朝高达百分之五的识字率，造就了大批文盲，因此再回到皇家卫队当文化教官是个不错的安排。
明朝的普通士兵，没有文化，没有可以依靠的家族，很多人甚至连身体条件都不适合当兵。他们以为当兵可以混口饭吃，却发现进了一个更大的坑。晚明军队除了部分精锐和将领的家丁外，普通士兵纯粹成了免费劳力，繁重的劳动和低劣的饮食早已将他们的身体拖垮。
当年萨尔浒之战时，明朝总兵杜松点起火把夜战的事，被鞭子鼓手当成笑话。但朱由校知道内情以后，只有一声叹息。杜松好歹也是沙场老将，他会不知道点起火把容易成为后金的目标？可是没办法，为了使用火器只好如此。因为明军中夜盲症患者远远超过普通人…
明朝的社会风气对于士兵的态度极其恶劣，加之饱受将官剥削，明军普通士兵在平日里老实的令人心疼。为了能吃口饱饭，他们愿意做任何事，根本不分好坏。每次与敌人还未开始作战，逃跑保命就成了他们心中唯一的念头，用一触即溃来形容最合适不过。
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因此，什么文化认同、民族大义，国家发展。对于这些明军普通士兵来说，就是玄而又玄的事，远不如一碗米饭实在。至于这碗米饭是谁给的，他们不在乎，也根本不想在乎。当整个社会剥去了士兵最后的尊严后，这些士兵一直等待着用最恶劣的方式回报社会…
朱由校至今还记得，当京营出发之后的第一次扎营，数万士兵看着碗里满满的白米饭时，发出的低低呜咽之声，如同海浪低沉的咆哮。许多人一粒米一粒米的小心吃干净，因为这是他们第一次吃到白米饭…
朱由校不敢想象，带领这样的士兵如何去打赢后金，如何去完成自己的梦想。空洞的说教和单纯的物质鼓励，都不会起到太大作用。只有让这些士兵首先成为真正的人，才能让他们鼓起勇气，明白什么是正义和邪恶，明白自己究竟为何而战。
于是读书认字，也成了这些普通士兵的必修课，因为文化认同的前提，必须认识字。而卫队作为成功的榜样，无时无刻不在暗中激励这些士兵。朱由校没有办法骤然改变很多事，但他相信潜移默化的力量，也更相信，这些士兵心中尚未泯灭的良知。
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朱由校知道，大明的改变不是三言两语就能完成，更不是早上写出公告，下午全国就响应。但他有耐心，也很有信心。
大明的百姓是淳朴而善良的，他们对于皇上几乎是无条件的相信；官员虽然操蛋的很多，但好在有节操的也不少，就是喜欢骂皇上这点让人头疼；至于军人，李永芳等卖国求荣之流毕竟是少数，更多的大明军人，或许能力不够，但是绝不惜命，这就足够了。
让人头疼的是大明的文人和商人。大明的不少文人，以人生的自我价值实现为第一，为此他们可以出卖任何人，并美其名曰，良禽择木而栖。而大明的不少商人，根本不会有廉耻道德这种传说中的东西，或许他们有，但那是论斤卖的，你要多少，他们有多少。
不少文人将孟子的“诛一夫”论作为自己的座右铭。为自己的背叛和找到了充足的借口。