年羹尧的过人之处不仅仅体现在战争年代的行军打仗方面，更重要地体现在边疆统治的水平之上。众所周知，无论是西南还是西北，都是少数民族聚居混杂之处，除了阶级矛盾以外，民族矛盾占了非常大的比重。罗卜藏丹津所谓的重建蒙古帝国主张极度地蛊惑了人心，平叛胜利又是依靠武力取得的结果，而人心岂是能够用武力征服的？
凭借多年任职封疆大臣所养成的敏锐头脑，年大将军早早就意识到了战后重建的重要性和艰巨性，因此当岳钟琪还沉浸在胜利的喜悦之下心情久久不能平静之时，年二公子已经向皇上提交奏折一封，系统阐述了他对于青海战后重建的种种设想，其中最重要的一项就是制定了《青海善后事宜十三条》和《禁约青海十二事》，对青海地区的政治、经济、宗教进行全面整顿，
首先他根据“宜分别游牧居住”原则，将青海蒙古族仿照内蒙古扎萨克制度分编为29旗，各旗之间划定游牧界限，规定不得强占牧地，不得互相统属，不得互相往来；其次再仿照内蒙古的盟旗制，“编置佐令、以扎萨克领之”；此外还建立会盟和朝贡制度。如此多管齐下将青海地区置于大清帝国的直接统治之下，不给叛乱分子以可乘之机。另外，对于喇嘛教寺院也进行了整治。这次叛乱中寺院不仅仅是匪首依靠的重要力量，甚至发展成为叛乱的主导力量，这个异常发展的新动向当然引起了年大将军的高度重视，为避免再有此类情况的发生，他不得不高度重视对寺院势力的掌握。其实早在康熙朝末年时期，喇嘛教在中央的大力扶持下得到迅速兴起，青海地区的寺院就达到了千余所，西宁地区寺庙的喇嘛多的有二、三千人，少则也有五六百，对此年将军称之为“藏污纳垢之地”。由于喇嘛教在大清帝国的地位极高，以至僧人们也渐渐地水涨船高般地获得了较高的社会地位，成为社会特权阶层，这也就不难理解为什么僧侣会这么积极地参加罗卜藏丹津发起的这场叛了。为了避免历史重演，年将军建议坚决制止打压寺院势力，对于参加叛乱的喇嘛们或镇压或遣散，对于寺院的喇嘛人数和房屋规模进行严格限制，由朝廷定期派官员前来稽查，避免过度发展，日后渐成雄霸一方的宗教割据势力。这样一来，在青海蒙古族和藏族中影响较大的喇嘛寺院也被直接置于大清帝国的严密控制之下。
皇上这样的铁腕人物眼睛里是容不得半点沙子的，而年大将军提交的这份奏折几乎是一字不差地道出了皇上的心声，与他自己心中初步构想的青海重建方案完全吻合，因此几乎是只字未改就批准了年二公子的建议。
当皇上放下朱笔，合上奏折之后，心情并没有因为年羹尧这份极对其心思的奏折产生半点喜悦之情，相反他的心中竟是格外的沉重。按理说，大清帝国有此良将他应该欣喜才是，可是，这年将军也只称得上是“良将”而没有同时成为一名“忠臣”，他要受制于年将军到什么时候呢？岳钟琪还需要多长时间才能够成长为展翅翱翔的雄鹰呢？